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如果您收到的违章短信通知扣2分，但12123平台上显示扣三分，可能存在以下几种情况。
1、短信通知有误：有时候因为系统原因或者通知发送错误，可能会收到不准确的违章通知，建议您先以12123平台上的信息为准，因为该平台的数据通常是实时更新的，而且准确性较高。
2、违章行为被判定为多种违法行为：在某些情况下，您的违章行为可能被交通管理部们判定为多种违法行为，从而导致分数被扣除更多，如果您对违章行为有异议，可以在12123平台上进行申诉，相关部门会进行核实和处理。
3、系统更新延迟：有时候因为系统更新或数据同步的原因，可能会出现信息延迟的情况，您可以稍事等待，或者联系当地交通管理部们查询具体情况。
建议您先以12123平台上的信息为准，如果仍有疑问，可以拨打当地交通管理部门的咨询电话，或者到当地的交通违法处理中心咨询工作人员，他们会为您提供更详细的信息和帮助。